El Instituto se organiza en el Consejo del IPH, del que forman parte todos los miembros doctores y los representantes del personal docente, investigador y de administración y servicios. Estos eligen, por un periodo de cuatro años, al Director, encargado de definir, dirigir y desarrollar la política científica y administrativa del Instituto, quien, a su vez, preside el Consejo de Dirección, integrado por los Subdirectores, los Directores de área y el Secretario—. El instituto se articula a partir de cuatro áreas —Artes, Filología, Historia y Patrimonio— que constituyen la base operativa de su actividad científica.

El funcionamiento del IPH se regula de acuerdo al reglamento aprobado por el Consejo de Gobierno de la Universidad de Zaragoza con fecha 7 de octubre de 2019.